Την τελευταία δωδεκαετία της Ηγεμονίας, κυριαρχεί στη Σάμο η προσωπικότητα του Θεμιστοκλή Σοφούλη, ο οποίος σπούδασε αρχαιολογία, έκαμε τις πρώτες ουσιαστικά επιστημονικές ανασκαφές στο Ηραίον, αλλά εξελίχθηκε σε πολιτικό ηγέτη και στον πρωτεργάτη της σαμιακής επανάστασης του 1912 και της ένωσης με την Ελλάδα.
Στις 7 Σεπτεμβρίου 1912 με μια μικρή ομάδα ενόπλων Κρητών και Ικαριωτών αποβιβάστηκε στον Όρμο Μαραθοκάμπου. Η συνέχεια είναι γνωστή, οι κινήσεις του οδήγησαν στην απελευθέρωση του νησιού. Οι τουρκικές δυνάμεις εγκατέλειψαν οριστικά τη Σάμο στις 23 Σεπτεμβρίου, το απόγευμα. Ο ήλιος έδυε, τα πλοία έβγαιναν από το λιμάνι και ο λαός ξεχύθηκε στους δρόμους για πανηγυρισμό.
Ακολούθησε καθολική ψηφοφορία που ανέδειξε νέα Εθνοσυνέλευση, της οποίας πρόεδρος εξελέγη ο Σοφούλης. Άρχισαν οι εργασίες για τη διαμόρφωση του νέου καθεστώτος αλλά σύντομα η κατάσταση άλλαξε. Η κήρυξη του Α’ Βαλκανικού πολέμου εναντίον της Τουρκίας τον Οκτώβριο του 1912 ήταν γεγονός. Με την ελληνική κυριαρχία στο Αιγαίο ένα σύνθημα επικράτησε: ΕΝΩΣΗ. Σε έκτακτη σύγκληση της Εθνοσυνέλευσης στις 11 Νοεμβρίου ο Σοφούλης, μπροστά σε μια πάνδημη συγκέντρωση, στον ιερό χώρο του Ναού του Αγίου Σπυρίδωνος, «εν μέσω κατανυκτικής σιγής» γεμάτης προσμονής και ενθουσιασμού, κήρυξε την ένωση με την Ελλάδα, στέλνοντας ψήφισμα στον Ελ. Βενιζέλο. Εκείνος απάντησε θετικά με την επιφύλαξη των διπλωματικών δυσχερειών. Πρόεδρος της προσωρινής κυβέρνησης διορίσθηκε ο Σοφούλης μέχρις ότου στις 2 Μαρτίου του 1913 κατέπλευσε στο Λιμένα Βαθέος μοίρα του ελληνικού στόλου για την επίσημη αναγνώριση της απελευθέρωσης του νησιού. Διπλωματικά το θέμα έκλεισε στις 31 Ιανουαρίου του 1914.
