Κατά το Μεσαίωνα ήκμασε βορειοδυτικά της Βυτίνας μία πόλη με το όνομα Κερνίτσα. Από την πόλη αυτή πήρε το όνομά της η εν λόγω Ιερά Μονή. Σύμφωνα με τις πηγές, ιδρύθηκε τον 12ο αιώνα και πρόκειται για Σταυροπηγιακή Μονή.
Με ταλαιπωρίες και αγώνες έζησε για αιώνες η Μονή σαν ανδρική. Από το 1680 λειτούργησε και ήκμασε εκεί κρυφό σχολειό. Ιδρύθηκε πρώτα κατώτερο σχολείο και μετά μέση και ανώτερη σχολή. Μετά την επανάσταση ενίσχυσε και οικονομικά την Παιδεία, τα Ιερατικά σχολεία, τη σχολή της Χάλκης κ.α.
Στο πέρασμα των αιώνων γνώρισε μεγάλες λεηλασίες. Πολλά χειρόγραφα κάηκαν και κειμήλια μεγάλης αξίας χάθηκαν. Κατά την Επανάσταση του 1821 δέχτηκε επτά φορές την επιδρομή του Ιμπραήμ. Πάντα, όμως, βοηθούσε και περιέθαλπε τους αγωνιζόμενους. Το 1940 η Μονή μετατράπηκε σε γυναικεία.
Στον περίβολο της Μονής ανατολικά είναι κτισμένος, στην κεφαλή ενός βράχου, ο Βυζαντινός Ναός της Κερνίτσας, όπου βρίσκεται και η θαυματουργική εικόνα. Τιμάται στο όνομα της Παναγίας και εορτάζεται στις 15 Αυγούστου.
