Μία εκ των Μητροπόλεων της Αυτοκεφάλου Εκκλησίας της Ελλάδος, με έδρα την πόλη της Λιβαδειάς.
Παλαιοχριστιανική-Πρωτοβυζαντινή Περίοδος (1ος-8ος αι. μ.Χ.)
Ο Απόστολος των Εθνών Παύλος, διέδωσε τον Χριστιανισμό και στην Βοιωτία. Όταν ήλθε για δεύτερη φορά στην Κόρινθο το χειμώνα του 56-57 μ.Χ. επισκέφθηκε την πόλη των Θηβών και την άλλη Βοιωτία, όπου λειτουργούσαν Ιουδαϊκές κοινότητες. Οι κοινότητες αυτές παρείχαν πρόσφορο έδαφος για την μετάδοση του Ευαγγελικού μηνύματος.
Ο Απόστολος Παύλος συνοδευόμενος από τον Ευαγγελιστή Λουκά όχι μόνον επισκέφθηκε την Θήβα, αλλά «ἐγκαθίδρυσεν Ἐπίσκοπον ἐν Θήβαις, Ροῦφον τόν ἐκλεκτόν», τον γιό του Σίμωνα του Κυρηναίου. Υπήρξε ο πρώτος Επίσκοπος Θηβών, ο οποίος μαρτύρησε ή επί Νέρωνος (64 μ.Χ.) ή επί Δομιτιανού (81-96 μ.Χ.). Σύμφωνα με την παράδοση και κατά μαρτυρίες και ο Ευαγγελιστής Λουκάς συνδέεται με την πόλη των Θηβών και τη Βοιωτία γενικότερα, αφού μετά το θάνατο του Αποστόλου Παύλου έζησε, δίδαξε, έγραψε και πέθανε στη Θήβα. Μετά το 312 μ.Χ. με την επικράτηση του Χριστιανισμού, κτίσθηκε ναός προς τιμήν του και το ιερό λείψανό του τοποθετήθηκε ἀπό τούς χριστιανούς σέ ρωμαϊκή λάρνακα.
Η διάδοση του Χριστιανισμού δεν περιορίστηκε μόνο στην πόλη των Θηβών, αλλά αναπτύχθηκε και σε άλλες πόλεις της Βοιωτίας και στην γύρω περιοχή σύμφωνα με παλαιοχριστιανικές επιγραφές. Αρχαιολογικά ευρήματα μαρτυρούν ότι και στην πόλη της Λιβαδειάς, λειτουργούσε χριστιανική κοινότητα κατά τούς πρωτοχριστιανικούς χρόνους.
Η Βοιωτία δέχθηκε περίπου δεκατρείς βαρβαρικές επιδρομές και λεηλασίες. Ιδιαίτερα δε δέχθηκε παντός είδους καταστροφές από τους Σλάβους. Ένα ακόμη γεγονός που συνετέλεσε στην υποβάθμιση της Βοιωτίας, εκτός από τις επιδρομές αυτές ήταν και η αντιδραστική στάση των «Ελλαδικών», δηλαδή κατοίκων του Θέματος της Ελλάδος στην πολιτική του αυτοκράτορα Λέοντα του Γ΄, υπέρμαχου της Εικονομαχίας. Η εξέγερση των Ελλαδικών με σκοπό να στέψουν δικό τους αυτοκράτορα στην Κωνσταντινούπολη, μπορεί μεν να απέτυχε, έφερε όμως ένα ευεργετικό αποτέλεσμα, τη βίαιη υπαγωγή των Ελλαδικών στη δικαιοδοσία του Πατριαρχείου Κωνσταντινουπόλεως.
Δυστυχώς οι αιώνες 7ος και 8ος δεν παρέχουν σημαντικές πληροφορίες γιά τή Βοιωτία.
Περίοδος Ακμής ( 9ος- 11ος αι. μ.Χ.)
Η συντριβή του εικονοκλαστικού κινήματος σήμανε τη νίκη της Ελληνικής θρησκευτικής και πολιτιστικής ιδιομορφίας επί της ασιατικής. Η Βυζαντινή αυτοκρατορία επεβλήθηκε στους εξωτερικούς εχθρούς της, ενώ στο εσωτερικό σημειώθηκαν μεταρρυθμίσεις σε όλους τούς τομείς.
Στη Θήβα η ανάπτυξη έγινε ιδιαίτερα αισθητή. Από τον 9ο αι. η πόλη επιλέχτηκε ως έδρα και βάση του στρατηγού-διοικητή του Θέματος της Ελλάδος. Στις πρώτες δεκαετίες του 9ου αι., λόγω της γεωγραφικής της θέσεως, η Θήβα επιλέγεται ως πρωτεύουσα του Θέματος της Ελλάδος και γίνεται έδρα Αρχιεπισκόπου. Η ανάπτυξή της ξεπερνά τις τότε ακμάζουσες πόλεις της Κορίνθου και των Πατρών.
Η οικονομική άνθιση και η κοινωνική ευμάρεια της Βοιωτίας προσέλκυσε και τους εχθρούς της Αυτοκρατορίας. Τα δεινά που υπέφεραν οι κάτοικοι της περιοχής από τις επιδρομές και τις λεηλασίες των Νορμανδών, επουλώθηκαν χάρη στην άοκνη φροντίδα του τότε Μητροπολίτου Θηβών και εξάρχου πάσης Βοιωτίας Ιωάννη του Καλοκτένη, πού ονομάσθηκε «Νέος Ἑλεήμων». Ήταν η εποχή που η Μητρόπολη Θηβών υπαγόταν στο Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως και από εκεί στέλνονταν οι Μητροπολίτες. Η προσωπικότητά του συνέβαλε στην διοικητική μεταρρύθμιση της τοπικής Εκκλησίας. Όταν η Θήβα έγινε πρωτεύουσα του Θέματος της Ελλάδος προήχθη από Επισκοπή σε αυτοκέφαλη Αρχιεπισκοπή. Πριν το 906 προήχθη και κατέλαβε την τριακοστή θέση μεταξύ των σαράντα εννέα Αρχιεπισκοπών και «ὑπήχθη τῷ τῆς βασιλίδος θρόνῳ». Επί Ιωάννη Τσιμισκή ο Αρχιεπίσκοπος Θηβών προήχθη στην τριακοστή πρώτη θέση μεταξύ των πενήντα και ενός Αρχιεπισκόπων. Στην εποχή του αγίου Ιωάννη του Καλοκτένη και επί αυτοκράτορα Μανουήλ του Κομνηνού (1143-1180) η Θήβα είναι Μητρόπολη και υπάγονται σε αυτήν πέντε επισκοπές.
Στο β΄μισό του 13ου αι. επί Μιχαήλ Παλαιολόγου (1251-1282) αναγράφεται ως πεντηκοστή έβδομη επί των εκατόν δέκα Μητροπόλεων.
Περίοδο Λατινοκρατίας
Την περίοδο της Λατινοκρατίας, δημιουργήθηκε Λατινική Αρχιεπισκοπή Θηβών.
Περίοδος Τουρκοκρατίας
Την εποχή της Τουρκοκρατίας επί του συνόλου των εβδομήντα δύο Μητροπόλεων κατείχε η Μητρόπολη Θηβών την τριακοστή έβδομη θέση. Ο Θηβών έφερε τον τίτλο του «Ὑπερτίμου καί ἐξάρχου πάσης Βοιωτίας». Πολλά μοναστήρια της περιοχής τα σκοτεινά χρόνια της δουλείας λειτούργησαν ως κέντρα των αγωνιστών και συνέβαλαν τα μέγιστα στον αγώνα της λευτεριάς.
Στις αρχές του 18ου αι. αναφέρεται ως Επισκοπή Βοιωτίας και με το νόμο Σ΄ της 9ης Ιουλίου 1852 μετονομάστηκε σε Επισκοπή Θηβών και Λεβαδείας.
Σύγχρονη Ιστορία
Το 1922 προήχθη σε Μητρόπολη Θηβών και Λεβαδείας.
Σήμερα η Ιερά Μητρόπολις Θηβών και Λεβαδείας περιλαμβάνει τις επαρχίες Θηβών, Λεβαδείας και Αυλίδος. Έχει 112 ενορίες και 28 μοναστήρια. Έδρα της Μητροπόλεως είναι η πόλη της Λιβαδειάς.
