O Άγιος Αγάθων καταγόταν από το Παλέρμο της Σικελίας και από μικρή ηλικία ποτίστηκε με τα νάματα της ευσέβειας. Υπήρξε ο 79ος πάπας της Ρώμης.
Πάπας έγινε το 678 μ.Χ. και έλαβε ενεργό μέρος στην ΣΤ’ Οικουμενική Σύνοδο αποστέλλοντας τρεις αντιπροσώπους, τους πρεσβύτερους Θεόδωρο και Σέργιο, και τον διάκονο Ιωάννη. Η Σύνοδος αυτή, συνήλθε το έτος 680 μ.Χ. στη Κωνσταντινούπολη για να καταδικάσει την αίρεση των Μονοφυσιτών. Οι δε αποφάσεις της, στηρίχθηκαν και στη θερμότητα που αντιμετώπισε το θέμα, ο πάπας Αγάθων, ο οποίος αναθεμάτισε όλους όσους στο παρελθόν έδειξαν μονοφυσιτικό φρόνημα, μεταξύ αυτών και τον προκάτοχό του πάπα Ονούφριο τον Α’ (625 – 638 μ.Χ.). Έτσι στον Αγάθωνα χρεωστάμε ένα από τα αποτελεσματικότερα βέλη κατά της αξίωσης περί αλάθητου των Πάπων.
Εκοιμήθη οσιακά το 682 μ.Χ.
